شواهد باستانی نشان می‌دهد، اولین ساکنان جنگل آمازون متعلق به ۱۱ هزار سال پیش بودند و برخلاف آن‌طور که تصور می‌شد، این منطقه خالی از سکنه و کم جمعیت نبوده. شواهد کشف‌شده در دره اوپانو (Upano Valley) در شرق اکوادور، ثابت می‌کند که این منطقه پرجمعیت بوده است.
اولین اروپایی که توانست طول رودخانه آمازون را طی کند، فرانسیسکو د اورلانا (Francisco de Orellana) در سال ۱۵۴۰ میلادی بود. طبق یافته‌ها، حدود ۸ میلیون نفر در اوایل قرن ۱۶ میلادی در جنگل آمازون زندگی می‌کردند که از طریق باغبانی و کشاورزی‌های توسعه‌یافته امرار معاش می‌کردند و با مدیریت خاک بومی، این جنگل را از استعمار و نفوذ اروپایی‌ها در امان نگه داشته بودند. این اکتشاف نشان می‌دهد که بخش‌های بزرگی از جنگل آمازون نتیجه قرن‌ها مدیریت قبایل بومی است و آن‌طور که تصور می‌شده زمینی بکر و طبیعی نبوده است؛ اگرچه بعد‌ها، شیوع بیماری آبله از اروپا، باعث نابودی برخی از تمدن‌های شکل‌گرفته در آمازون شد. از طرف دیگر، جنگ‌های قبیله‌ای نیز جمعیت این منطقه را دست‌خوش تغییرات بسیاری کرد؛ به‌طوریکه حدود یک سوم از مردان قبیله جان خود را در جنگ‌ها از دست می‌دادند.
جالب است بدانید که بقایای برخی از این سکونتگاه‌های بزرگ در سال ۲۰۰۳ میلادی در اعماق جنگل آمازون پیدا شد و در میان آن‌ها شواهدی از جاده‌ها، پل‌ها و میدان‌های بزرگ نیز دیده می‌شود.
اگرچه قبایل بومی تاثیر به‌سزایی در توسعه و شکل‌گیری آمازون کنونی داشتند، اما نقش حیاتی رودخانه آمازون در شکل‌گیری اولیه این جنگل را نمی‌توان نادیده گرفت. در ابتدا، رودخانه آمازون به سمت غرب جریان داشت و بخشی از سیستم رودخانه‌ای کنگو (proto-Congo river system) در قاره آفریقای کنونی بود. پس از پیدایش کوه‌های آند و اتصال میان بستر سنگی برزیل و گویان، مسیر رودخانه مسدود و به دریایی بزرگ تبدیل شد. به تدریج این دریا، به دریاچه‌ای عظیم باتلاقی با آب شیرین تغییر کرد و امروزه بیش از ۲۰ گونه ماهی در آب‌های شیرین آن یافت می‌شود؛ ماهی‌هایی که شباهت بسیاری به گونه‌های موجود در اقیانوس آرام دارند.
بعد از گذشت ۵ میلیون سال، جریان دریاچه آمازون به سمت شرق تغییر مسیر داد و به‌تدریج زمین‌های جنگل آمازون توسعه یافت. در طول عصر یخبندان، رودخانه و جنگل آمازون تغییرات زیادی داشتند، اما با تمام شدن این دوران، بخش‌هایی از جنگل آمازون که از یکدیگر جدا افتاده بودند، به هم پیوستند؛ رودخانه جان دوباره‌ای گرفت و بر تنوع گونه‌های گیاهی و جانوری منطقه افزوده شد.
امروزه این رودخانه، پرآب‌ترین رودخانه روی زمین است که حجم آب آن بیش از ۵ برابر رودخانه کنگو است. جالب است بدانید که سرچشمه آبشار ایگواسو برزیل، یکی دیگر عجایب هفتگانه طبیعی جدید جهان، رودخانه آمازون است.